インターネットバンキング

経理の合理化について

インターネットバンキングというものがあります。
会社のパソコンから銀行の支払ができる、給与の振り込みができる、預金通帳の動きを見ることができるというサービスです。１ヶ月間の手数料は概ね5000円程度です。
もちろんセキュリティの問題をどうするかということがあります。特定の暗証番号さえ知っていれば誰でも預金を動かすことができるのですからどうすればいいのか問題があります。
これについて、私は入金口座と出金口座を別にすればよいのではないかと思っています。
どのようなものでしょうか。